"התותח הקדוש" הוא כינוי שהוצמד לתותח שאיתו פוצץ צה"ל את האונייה אלטלנה ב-1948. הכינוי הזה נתפס עד היום כצורם ופוגעני עבור חלקים רבים בציבור הישראלי שרואים בפרשת פיצוץ האונייה את אחד המחדלים הנוראיים ביותר שבוצעו בראשית המדינה.
אלטלנה הייתה אונייה שרכש ארגון האצ"ל בארה"ב ב-1947. ביוני 1948, שלושה שבועות לאחר שהאצ"ל התחייב להתפרק מנשקו ולהשתלב בצה"ל, הגיעה האונייה לחופי ישראל כשעל סיפונה כ-930 עולים, כ-5,000 רובים, מאות מקלעים ומיליוני כדורים. האצ"ל, בראשות מנחם בגין, דרש ש-20 אחוז מהנשק יועבר ללוחמי הארגון שפעלו בירושלים, בטענה שירושלים עדיין לא נמצאת תחת ריבונות ישראלית, ועל כן הכוחות שפועלים שם פטורים מההתחייבות להתפרק מנשק. הדרישה הזאת עוררה מייד התנגדות בקרב אנשי הפלמ"ח וההגנה, ובראשם ראש הממשלה דוד בן־גוריון.
ב-20 ביוני עגנה האונייה בחוף ויתקין, ושם הורדו העולים והחלה פריקת הציוד הצבאי. כבר במעמד הזה רוכזו במקומות כוחות גדולים של צה"ל שדרשו מאנשי האצ"ל למסור להם באופן מיידי את כל הנשק שנמצא על האונייה. בין כוחות צה"ל לכוחות האצ"ל התפתחו חילופי אש, שבמהלכם נהרגו ארבעה אנשי אצ"ל ושני חיילי צה"ל.
במטרה לרסן את הרוחות עלה מנחם בגין לסיפון האונייה ופקד להשיט אותה לכיוון תל־אביב. האונייה הגיעה לתל־אביב ב-22 ביוני, ושוב נעשו ניסיונות להגיע לעמק השווה. ניסיונות אלה לא צלחו, וכעבור כמה שעות הורה בן־גוריון להפציץ את האונייה. האונייה הופצצה באמצעות תותח, במהלך שהוביל לפגיעה בחיי האנשים שעוד נותרו על הסיפון ולאובדן אמצעי לחימה רבים.
בסך הכול נהרגו באירועי האלטלנה 16 לוחמי אצ"ל ושלושה חיילי צה"ל ונפצעו עוד עשרות אחרים. בסיום הפרשה נעצרו כ-200 אנשי אצ"ל במסגרת מה שכונה "מבצע טיהור". חרף זאת ציווה מנחם בגין על אנשיו שלא להגיב וזאת כדי למנוע מלחמת אחים.
זמן קצר לאחר הפרשה אמר בן־גוריון: "מבורך הוא התותח שהפציץ את האונייה הזאת. תותח זה יהיה ראוי לעמוד ליד בית-המקדש אם ייבנה". מתוך הציטוט הזה, או מדברים שאמר בדיון אחר, נגזר הכינוי השנוי במחלוקת "התותח הקדוש". כיום מוצב התותח בחצר המכללה הבין-זרועית לפיקוד ומטה של צה"ל (פו"ם) בגלילות, המכשיר את סגלי הפיקוד בצה"ל.
השימוש בכינוי הבעייתי, כמו גם הבחירה למקום את התותח במכללת פו"ם, מעוררים עד היום כעס בקרב אנשים רבים שרוצים שפרשת האלטלנה תיזכר כאירוע טרגי ולא כאירוע גבורה.