בשעה 6:27 בבוקר שבת, עוד לפני שנשמעה האזעקה הראשונה בקיבוץ ארז – אזעקה נשמעה רק בקיבוץ נתיב העשרה המרוחק ממנו שני קילומטרים – שלחה שגית לוי גלפרב, ראשת צוות החירום בקיבוץ, הודעה לקהילת התושבים להישאר סגורים בממ”ד עד להודעה חדשה. במקביל היא מיהרה לפתוח את החמ”ל, וכבר כשפתחה את הדלת התחילו לשמוע קולות ירי של מחבלים. שתי ההחלטות הללו כנראה אפשרו לכיתת הכוננות לעצור את המחבלים כשהיו במרחק של דקות מפלישה לקיבוץ. כשמונה חברי כיתת הכוננות של הקיבוץ נלחמו בכ-30 מחבלים. בחמ”ל היא ניסתה להזעיק את כוחות הצבא וההצלה, אך ללא הועיל. לחמ”ל הגיעו גם שני נערים ממושב סמוך שבאו למשמרת אפיית בוקר בבית הקפה של הקיבוץ ונקלעו לקרב, והיא הובילה אותם תחת אש לממ”ד בביתה. פצועים מהקיבוץ ומכיתת הכוננות הגיעו אף הם לחמ”ל. לאחר שעות ארוכות, בסביבות השעה 11, רוב המחבלים חוסלו או ברחו. בזכות ערנותה של לוי גלפרב נמנע בקיבוץ ארז אסון גדול מהסוג שהתרחש בקיבוצים אחרים בסביבה.
